Die Hydroponik in der RWF-Pilotanlage besteht aus zwei Ebbe-Flut-Tischen mit jeweils 5,6 m², die dreimal täglich geflutet wurden.

Ein Ebbe-Flut-Tisch wird mit dem Flüssigdünger aus der Schwarzwasseraufbereitung (Produkt „Goldwasser“) und der zweite mit Betriebswasser aus der Grauwasseraufbereitung plus konventionellem Flüssigdünger (Canna Hydro) bewässert und gedüngt. Das jeweilige Bewässerungswasser wird in Behältern unter den Tischen mit Beginn des Pflanzenbesatzes gefüllt und während des jeweiligen Kulturverlaufs nicht ausgetauscht. Beide Hydroponiksysteme können somit hinsichtlich Produktivität und Qualität der erzielten pflanzlichen Lebensmittel direkt verglichen werden.

Als Produkt Pflanze wurde – wie bei der Aquaponik – die Kultur von Salaten ausgewählt, da diese schnell wachsende Kultur entsprechend mehrere Kulturzyklen pro Jahr und damit auch mehr Messreihen ermöglicht. Die Dauer einer Pflanzenkulturperiode belief sich auf durchschnittlich 5 Wochen.